纸质发票作废分以下几种情况办理：
增值税纸质普通发票
作废条件：
收到退回的发票联时间未超过销售方开票当月。
销售方未抄税并且未记账。
具体操作：
需在防伪税控系统或增值税发票公告服务平台中将相应的数据电文按 “作废” 处理。
在纸质普通发票（含未打印的专用发票）各联次上注明 “作废” 字样，全联次留存。
增值税纸质专用发票
作废条件：
收到退回的发票联、抵扣联时间未超过销售方开票当月。
销售方未抄税并且未记账。
购买方未认证或者认证结果为 “纳税人识别号认证不符”“专用发票代码、号码认证不符”。
具体操作：
开票方在防伪税控系统或增值税发票公告服务平台中将相应的数据电文按 “作废” 处理。
在纸质专用发票各联次上注明 “作废” 字样，全联次留存。
机动车销售统一发票
不允许手工作废蓝字机动车销售统一发票。对于开票有误等原因，需要另行开具机动车销售统一发票的，只可对原票冲红。
空白发票、红字机动车发票和验签失败的蓝字机动车销售统一发票允许手工作废。
代开发票
纳税人代开发票后，发生销货退回或销售折让、开票有误、应税服务中止等情形，需作废已代开增值税发票的，可凭已代开发票在代开当月向原代开税务机关提出作废申请。
不符合作废条件的，可以通过开具红字发票方式对原代开发票进行对冲处理。
办理时通常需准备已开具发票各联次、经办人身份证件原件等材料。如果是在税务系统中作废，一般要先登录税务系统，选择 “发票作废” 功能，输入发票代码、号码和作废原因等信息，系统生成作废申请表，纳税人签字并加盖公章后，将申请表和作废发票交至税务机关办理作废手续。