企业兼并的办理流程如下：
确定兼并与被兼并方：通常通过产权交易市场或直接洽谈等方式初步确定。
清产核资与财务审计：由直接持有国有产权的单位决定聘请具备资格的会计师事务所进行财务审计。若企业改制为非国有制企业，还要对企业法定代表人进行离任审计。被兼并企业需按规定向会计师事务所或政府审计部门提供相关财务会计资料和文件。
资产评估：按照《国有资产评估管理办法》对固定资产、流动资产、无形资产等资产实施评估。对于非国有投资者兼并企业的，由直接持有该国有产权的单位决定聘请具备资格的资产评估事务所进行评估。
确定产权底价：被兼并企业以有关主管部门确认的评估值为依据，合理确定出售底价，并可通过招标、投标的方式确定成交价，但成交价不得低于底价。若浮动价低于评估价的 90%，需经同级国有资产管理部门批准。
签署兼并协议和管理转让价款：成交价确定后，兼并双方的所有者签订兼并协议。全民所有制企业被兼并的，由各级国有资产管理部门负责审核批准；尚未建立国有资产管理部门的地方，由财政部门会同企业主管部门报同级政府作出决定。集体所有制企业被兼并的，应当由职工代表大会讨论通过，报主管部门备案。兼并方原则上应一次性支付价款，确有困难的，经双方协商并经批准，可以分期支付。
办理产权转让的清算和法律手续：被兼并方企业产权转让的收入，归该企业的产权所有者。企业被兼并后，应按规定办理产权变动登记、税务变更登记，土地管理部门为兼并企业办理土地使用权权属证书。如果被兼并企业的用地属于国有划拨的土地，兼并企业还应当与县级以上人民政府重新签订国有土地使用权出让合同。
权利义务的承担和职工的安置：对于合并式兼并，兼并企业承继被兼并企业的债权和债务；对于控股式兼并，被控股企业的债务仍由被兼并企业承担，除非控股企业抽逃资金、逃避债务致使被控股企业无力偿还。被兼并方的职工原则上由兼并企业接收。