企业兼并一般按以下流程办理：
确定兼并意向：兼并方和被兼并方通过产权交易市场或直接洽谈等方式，初步确定合作意向，明确双方的基本情况、兼并目的、预期效果等。
清产核资与财务审计：被兼并企业对各类资产、负债进行全面清查，清理债权债务关系。同时，由直接持有国有产权的单位聘请具备资格的会计师事务所进行财务审计，若企业改制为非国有制企业，还要对企业法定代表人进行离任审计。
资产评估：按照《国有资产评估管理办法》的规定，对被兼并方企业的固定资产、流动资产、无形资产（包括知识产权和商誉，但不包括以无形资产对待的国有土地使用权）和其他资产进行评估。对于非国有投资者兼并企业的，由直接持有该国有产权的单位决定聘请具备资格的资产评估事务所进行评估。
确定产权底价：被兼并企业以有关主管部门确认的评估值为依据，合理确定出售底价，并可通过招标、投标的方式确定成交价，成交价不得低于底价。如果浮动价低于评估价的 90%，要经过同级国有资产管理部门的批准。
达成兼并意向协议：兼并双方就兼并形式、资产处置方式、债权债务担保、职工安置方案等基本内容进行协商，达成兼并意向性协议。同时，就兼并的有关事宜，通过召开职代会征求双方企业职工的意见。
政府审查与批准：如果需要企业所在地地方政府提供优惠政策的，应由地方政府提出审查意见。涉及特殊行业的兼并，对大中型国有和国有控股企业上市公司的兼并以及省属企业的兼并，应分别由地方政府省属企业的主管部门报省经贸委会同银行、财政、劳动等有关部门提出审核意见后，报省政府审批；涉及上市公司的兼并重组还应征求证券监管机构的意见；其他国有小型及国有控股小型企业兼并重组的审批由各市（地州）人民政府行政公署或授权部门审批。
签署兼并协议：兼并协议修改完成后，由企业双方法定代表人签署兼并协议。全民所有制企业被兼并的，由各级国有资产管理部门负责审核批准；尚未建立国有资产管理部门的地方，由财政部门会同企业主管部门报同级政府作出决定。集体所有制企业被兼并的，应当由职工代表大会讨论通过，报主管部门备案。
办理相关手续：按照兼并协议和审批文件等实施兼并，办理资产划转、工商登记、税务登记、土地使用权权属证书等有关手续。如果被兼并企业的用地属于国有划拨的土地，兼并企业还应当按照房地产法的规定与县级以上人民政府重新签订国有土地使用权出让合同。
验收与完成兼并：由兼并双方的出资者和政府有关部门进行验收，经各方认可后完成兼并，后续对兼并后的企业进行整合，包括业务、人员、文化等方面，以实现协同效应和预期的经济效益。