企业兼并手续的办理流程如下：
确定兼并意向：兼并方和被兼并方通过产权交易市场或直接洽谈等方式，初步确定合作意向，明确双方的基本情况、兼并目的、预期效果等。
清产核资与财务审计：被兼并企业对各类资产、负债进行全面清查，清理债权债务关系。同时，由直接持有国有产权的单位聘请具备资格的会计师事务所进行财务审计，若企业改制为非国有制企业，还要对企业法定代表人进行离任审计。
资产评估：按照《国有资产评估管理办法》的规定，对被兼并方企业的固定资产、流动资产、无形资产（包括知识产权和商誉，但不包括以无形资产对待的国有土地使用权）和其他资产进行评估。对于非国有投资者兼并企业的，由直接持有该国有产权的单位决定聘请具备资格的资产评估事务所进行评估。
确定产权底价：被兼并企业以有关主管部门确认的评估值为依据，合理确定出售底价，并可通过招标、投标的方式确定成交价，成交价不得低于底价。如果浮动价低于评估价的 90%，要经过同级国有资产管理部门的批准。
签署兼并协议和转让价款管理：成交价确定后，兼并双方的所有者应当签订兼并协议。全民所有制企业被兼并的，由各级国有资产管理部门负责审核批准；尚未建立国有资产管理部门的地方，由财政部门会同企业主管部门报同级政府作出决定。集体所有制企业被兼并的，应当由职工代表大会讨论通过，报主管部门备案。兼并方原则上应一次性支付价款，确有困难的，经双方协商并经批准，可以分期支付。
办理产权转让的清算手续和法律手续：被兼并方企业产权转让的收入，归该企业的产权所有者。企业被兼并后，应当按照法律、法规的规定办理产权变动登记（包括被兼并企业向国有资产管理部门办理产权变动或者注销登记）和税务变更登记；土地管理部门同时为兼并企业办理土地使用权权属证书，如果被兼并企业的用地属于国有划拨的土地，兼并企业还应当按照房地产法的规定与县级以上人民政府重新签订国有土地使用权出让合同。
权利义务的承担和职工的安置：对于合并式兼并，兼并企业应当承继被兼并企业的债权和债务。被兼并方的职工原则上由兼并企业接收。
此外，涉及特殊行业的兼并，对大中型国有和国有控股企业上市公司的兼并以及省属企业的兼并，应分别由地方政府省属企业的主管部门报省经贸委会同银行、财政、劳动等有关部门提出审核意见后，报省政府审批；涉及上市公司的兼并重组还应征求证券监管机构的意见。