跨市异地就医备案可以通过窗口、电话、线上等方式办理，以下是一般的办理步骤和方式：
窗口备案：可到线下窗口办理异地备案，具体地址可咨询当地医保部门。
电话备案：拨打参保地备案咨询电话进行电话备案。
线上备案：使用手机或电脑端办理线上备案，常见的线上备案渠道包括：
国家医保服务平台 app：下载 app 后，点击【我的】进行登录；点击【首页】选择异地备案；填写异地就医备案登记信息，点击【开始备案】提交保存。可以自己办理，也可以为他人代办异地就医备案。
一部手机办事通 app：下载 app 后，首页点击【我要办医保】；找到【异地就医备案】功能进行备案。
微信/支付宝小程序：微信/支付宝搜索“云南医保”；点【我的】，跳出授权登录，授权登录成功后，点击【服务】进入办理页面，点击【异地就医备案】；填写异地就医备案登记信息（带“*”项为必填项，置灰项根据已有信息自动导入，不能填写，只能查看，其他为选填）；点击【提交】提交保存填写的跨省异地就医备案登记信息。可以自己办理，也可以为他人代办异地就医备案。
云南医保个人网厅：打开云南省医疗保障局官网（https://ylbz.yn.gov.cn/），点击【云南省医疗保障局政务事项】，点击【基本医疗保险参保人员异地就医备案】，选择备案类型，点击【在线办理】，跳出授权登录，授权登录成功后，点击【在线办理】进入办理页面，填写异地就医备案登记信息（带“*”项为必填项，置灰项根据已有信息自动导入，不能填写，只能查看，其他为选填），点击【提交】提交保存填写的跨省异地就医备案登记信息。可以自己办理，也可以为他人代办异地就医备案。
国务院客户端 app 或小程序：打开国务院客户端 app 或小程序，点击【跨省异地就医】，点击【跨省异地就医备案】，跳出授权登录，授权登录成功后，点击【异地就医备案申请】进入办理页面，选择备案类型，点击【开始备案】，按提示操作即可。可以自己办理，也可以为他人代办异地就医备案。
需要注意的是，不同地区的具体操作流程和要求可能会有所差异，在办理前建议咨询参保地的医保经办机构，以确保备案顺利进行。另外，昆明市参保人在云南省内跨市异地就医，无论长期居住人员或是临时外出就医人员，均无需办理备案手续；但在省外异地长期居住人员和临时外出就医人员均需按经办规程相关要求办理备案手续。
同时，具备以下条件的人员可办理跨省异地就医备案：
异地长期居住人员，包括职工医保常驻异地工作人员、异地安置退休人员、居民医保异地长期居住人员等在统筹区外长期工作、生活的人员。
临时外出就医人员，包括异地转诊就医人员、因公出差旅游等原因在异地突发疾病急诊抢救人员以及其他情形跨统筹区（含跨参保地和安置地）临时外出就医人员。
备案时需提供的申请材料通常包括有效身份证明材料以及《基本医疗保险跨省异地就医备案个人承诺书》，部分情况可能还需提供三级定点医疗机构的“转诊转院证明”。
另外，不同地区的报销政策也有所不同，一般来说，异地就医执行“就医地目录、参保地待遇”的政策，即能不能报，看就医地的目录；报销多少，看参保地的政策。具体报销政策可以咨询参保地医保部门。
备案的时限和有效期也有相关规定，例如昆明市异地长期居住人员实行“一次备案、长期有效”；临时外出就医人员一次备案最长有效期为6个月。
已通过备案登记的参保人员，在已开通住院费用异地就医直接结算的医保定点医疗机构住院治疗，可凭社保卡或医保电子凭证直接结算。若因结算网络系统、就诊凭证等故障导致无法直接结算的，可参照当地规定，提供报销所需的相关材料回参保地进行手工报销。