医院特殊门诊的办理流程一般如下：
明确病种：了解当地特殊门诊规定的适用病种范围，常见的有糖尿病、高血压、恶性肿瘤、慢性肾功能衰竭等，不同地区具体病种可能不同。
准备材料：通常需要患者的身份证、医保卡、近期（一般 6 个月内）的病历、诊断证明、相关检查报告等，部分地区可能还要求填写特定的申请表。委托他人办理的，还需提供代办人身份证和授权委托书。
提交申请：前往医院的医保办公室或专门的特殊门诊办理窗口，提交准备好的材料，并填写申请表。有些地区也可通过线上渠道，如当地医保部门的官方网站、微信公众号或指定的手机 APP 进行申请。
医院初审：医院相关部门会对申请材料进行初审，审核患者的病情是否符合特殊门诊的要求，材料是否齐全等。
医保部门审核：医院初审通过后，将材料报送医保部门进行审核。医保部门可能会组织专家进行评审，或者根据提交的材料进行综合判断。
享受待遇：医保部门审核通过后，患者即可享受特殊门诊待遇。通常会发放《特殊病种门诊专用病历》或在患者的医保手册上进行标注，患者在指定的定点医院和药店就医、购药时，可按照规定享受相应的医保报销政策。
办理时间和定点医院选择等方面可能因地区和医院而异，有的是定期集中办理，有的则可以随时申请，患者可能需要在指定的医院进行特殊门诊治疗，或者在一定范围内选择定点医院。建议患者提前向当地医保部门或医院咨询详细的办理流程和要求，以便顺利办理。