食品类商品认证有多种类型，以下是有机食品认证和绿色食品认证的办理方式：
有机食品认证
提交申请：申请人向中绿华夏有机食品认证中心（COFCC）提出正式申请，填写《有机食品认证申请书》《有机食品认证调查表》，按照《有机食品认证书面资料清单》准备文件。若有缩短、免除转换期的需求，还需填写《缩短、免除转换期申请书》。
签订合同：申请人与认证中心签订《检查合同》《标志使用合同》，并缴纳相关费用。
预审与审查：分中心对申请人材料进行预审，合格后将有关材料拷贝给 COFCC。COFCC 综合审查并制定初步检查计划，估算认证费用，向申请者寄发《受理通知书》《有机食品认证检查合同》。
实地检查评估：材料审查合格后，COFCC 确定有资质的检查员进行实地检查，依据《有机食品生产技术准则》对申请人的质量管理体系、生产过程控制体系、追踪体系以及产地、生产、加工等进行实地检查评估，必要时对水、土、气及产品抽样送检。
编写检查报告：检查员完成检查后，按 COFCC 要求编写检查报告，并在两周内送达 COFCC。
综合审查评估意见：COFCC 根据申请人提供的材料、检查员的检查报告和相关检验报告等进行综合审查评估，填写颁证评估表，提出评估意见报颁证委员会审议。
颁证决议：颁证委员会对申请人的材料进行全面审核，做出同意颁证、有条件颁证、有机转换颁证或拒绝颁证的决定。
颁证：根据颁证决议和《有机食品标志使用管理规则》的要求，签订《有机食品标志使用许可合同》，办理有机食品标志的使用手续，颁发有机食品证书。
绿色食品认证
满足申请条件：申请人应为国家市场监督管理部门登记注册取得营业执照的企业法人等，且有稳定的生产基地和原料来源，申请前三年无质量安全事故和不良诚信记录，在国家农产品质量安全追溯管理信息平台完成注册等。申请产品需满足相关条件，预包装产品应使用注册商标（含授权使用商标）。
准备申报材料：包括资质证明材料、生产技术规程、基地来源证明材料、原料来源证明材料、带有绿色食品标志的预包装标签设计样张、生产记录及绿色食品证书复印件（仅续展申请人提供）、中心规定提交的其他证明材料（追溯证明、内检员证书等）。
申报：通过网页版（http://220.160.52.171:8290/web/#/login）或 APP 进行申报，注册账号后进行主体资质认证，然后新增申报，根据目录依次填写。
审核与评定：绿色食品管理机构对申报材料进行审核，组织绿色食品产品质量定点检测机构对产品质量进行抽检，并进行综合考核评定。
颁发证书：经审查合格，准予使用绿色食品标志的，颁发绿色食品证书，证书有效期为三年。在有效使用期内，绿色食品管理机构每年对用标企业实施年检。
此外，还有其他食品类商品认证，如食品快速检测服务认证。其办理流程是先选择认证机构，提交申请并附上企业营业执照、生产许可证等相关资料，认证机构进行资料审查，之后进行现场审核，包括对企业设备设施、人员资质等的检查，再进行样品检测，根据检测结果进行综合评价与决定，最后向符合要求的企业颁发证书并公告。